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张超  
大脑进化与生物信息学
学  历: 博士
学  科: 大脑进化与生物信息学
电  话: +86 871 65190697
传  真:
电子邮件: zhangchao@mail.kiz.ac.cn
通讯地址: 云南省昆明市盘龙区龙欣路17号 中国科学院昆明动物研究所    650201
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  简  历

张超,研究员,博士生导师。2014年毕业于电子科技大学,获得理学学士学位,2021年毕业于北京大学,获得理学博士学位,同年起于哈佛大学医学院/波士顿儿童医院开始博士后研究,2024年加入昆明动物所,组建大脑进化与生物信息学学科组,担任PI。研究组致力于大脑进化与人工智能的交叉研究,解析脑进化与疾病的细胞分子机制,相关研究发表在Nature Neurosciences,Nature Genetics,Science Advances,Cell Reports,Nature Communications,Nucleic Acids Research等杂志。


经历

2024.8 - 至今???? 中国科学院昆明动物研究所,研究员

2021.8 - 2024.8?? 哈佛大学医学院/波士顿儿童医院,博士后

2016.9 - 2021.7?? 北京大学,博士学位

2014.9 - 2016.8?? 北京大学,科研助理

2010.9 - 2014.8?? 电子科技大学,学士学位

  研究方向

方向一:大脑进化

借助单细胞和空间转录组学,结合生物信息学,构建多物种数字化空间细胞图谱,识别大脑组织结构、细胞类型和分子,解析哺乳动物大脑进化与功能的分子基础。

方向二:生物信息学

开发基于机器学习和AI的跨物种细胞图谱整合算法和工具;应用AI于进化生物学领域,开发新模型新理论。

  代表性成果和所获奖项
  承担国家重大科技任务

1.中科院择优支持项目,2025-2029,主持。

2.云南省基础研究计划-重点项目,2025-2029,主持。

3.国家自然科学基金青年科学基金C类项目,2026-2029,主持。

4.省兴滇英才支持计划顶尖团队,2025-2028,参与

  代表论著

近5年内发表的代表性论文/专著

1.???? Bhattacherjee A#,Zhang C#,Watson BR,Djekidel MN,Moffitt JR*,Zhang Y*. Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain. Nature Neuroscience. 2023 Nov;26(11):1880-1893. doi: 10.1038/s41593-023-01455-9

2.???? Zhang C#, Chen R#,Zhang Y*. Accurate inference of genome-wide spatial expression with iSpatial. Science Advances. 2022 Aug 26;8(34):eabq0990. doi: 10.1126/sciadv.abq0990.

3.???? Hagihara,Y.#,Zhang,C#. & Zhang,Y*. Precise modulation of BRG1 levels reveals features of mSWI/SNF dosage sensitivity. Nature Genetics. 57,2250–2263 (2025). https://doi.org/10.1038/s41588-025-02305-z

4.???? Ran Wei#,Zhehao Du#,Jue Wang#,Jinlong Bi,Wencong Lyu,Haochen Wang,Jianuo He,Fanju Meng,Lijun Zhang,Chao Zhang*,Chen Zhang*,Wei Tao*,A single-cell transcriptomic landscape characterizes the endocrine system aging in the mouse, Protein & Cell,2025;,pwaf074,https://doi.org/10.1093/procel/pwaf074

5.???? Zhang C#,Xu Z#,Yang S#,Sun G#,Jia L,Zheng Z,Gu Q,Tao W,Cheng T*,Li C*,Cheng H*. tagHi-C Reveals 3D Chromatin Architecture Dynamics during Mouse Hematopoiesis. Cell Reports. 2020 Sep 29;32(13):108206. doi: 10.1016/j.celrep.2020.108206

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其他代表性论文/专著

1.???? Chao Zhang*,Xuebin Zhang*,Li Huang,Yiting Guan,Xiaoke Huang,Xiao-Li Tian,Lijun Zhang,and Wei Tao. 2021.'ATF3 drives senescence by reconstructing accessible chromatin profiles',Aging Cell,20: e13315.

2.???? Bo He*,Chao Zhang*,Xiaoxue Zhang*,Yu Fan,Hu Zeng,Jun’e Liu,Haowei Meng,Dongsheng Bai,Jinying Peng,Qian Zhang,Wei tao,and Chengqi Yi. 2021.'Tissue-specific 5-hydroxymethylcytosine landscape of the human genome',Nature Communications,12: 1-12.

3.???? Yiting Guan*,Chao Zhang*,Guoliang Lyu,Xiaoke Huang,Xuebin Zhang,Tenghan Zhuang,Lumeng Jia,Lijun Zhang,Chen Zhang,and Cheng Li. 2020.'Senescence-activated enhancer landscape orchestrates the senescence-associated secretory phenotype in murine fibroblasts',Nucleic acids research,48: 10909-23.

4.???? Jianting Zhou*,Chao Zhang*,Ran Wei*,Mingzhe Han,Songduo Wang,Kaiguang Yang,Lihua Zhang,Weigang Chen,Mingzhang Wen,and Cheng Li. 2022.'Exogenous artificial DNA forms chromatin structure with active transcription in yeast',Science China Life Sciences,65: 851-60.

5.???? Liu Y,Wang Y,Zhao ZD,Xie G,Zhang C,Chen R,Zhang Y. A subset of dopamine receptor-expressing neurons in the nucleus accumbens controls feeding and energy homeostasis. Nat Metab. 2024 Aug;6(8):1616-1631.


  主要学术兼职
  研究团队

1.主要工作人员:

刘榕、兰媛媛

2.在读博士研究生:

李世鑫、王浩臣(北京大学合作培养)、方青(北京大学合作培养)

3. 在读硕士研究生:
吴承晓、肖天翔、李周颖(毛炳宇组联合培养)

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